En Margarita los efectos climáticos y/o edáficos han producido una mezcla de zonas de vida con variados ecosistemas que van desde la maleza desértica tropical en las zonas bajas y secas, pasando por un alto rango de pisos altitudinales con predominio del monte espinoso y del bosque seco tropical. En el Cerro Copey se localiza el bosque húmedo premontano y en las zonas pantanosas y salinas se dan los bosques de manglares.
En la Isla de Margarita hay unas 100.845 hectáreas cubiertas por vegetación, la cual se clasifica en:
Bosque húmedo montano bajo: se localiza en la parte superior del Cerro Copey, sobre los 400 m en las laderas norte y este y sobre los 600 m en las laderas sur y oeste. Constituye un bosque medianamente denso con presencia de algunas epífitas, donde se destacan copey Clusia rosea, indio desnudo Brusera simaruba, siete cueros Machaerium sp., macanillo Bactris falcata y helecho Cyathea sp..
Bosque seco Bajo: forma un cinturón alrededor del Cerro Copey y al pie del bosque húmedo montano bajo y en la parte superior de los cerros Los Micos, Tragaplata, Manzanillo, Matasiete, Guayamurí, Guaraguao y Los Cedros. Está constituido por especies deciduas y semideciduas: olivo Capparis sp., dividive Caesalpinea coriana, indio desnudo y pardillo candilero Cordia sp..
Bosque muy seco: se localiza en aquellas áreas de vegetación muy intervenida. Es transicional entre el bosque seco bajo y el espinar, y se ubica en la parte baja de Cerro Copey y en los cerros Los Micos, Santa Elena, Tragaplata, Manzanillo, Matasiete, Guayamurí y Macanao. Es un bosque medianamente denso donde alternan árboles pequeños deciduos y semideciduos. Las principales especies son: cují Acacia tortuosa, guatacare Beureria cumanensis, guamacho Peireskia guamacho, cardón Cereus sp., dividive y olivo.
Espinar: abarca áreas de vegetación muy intervenida, en los alrededores de algunos cerros y a través de la llanura costera: norte de Salamanca, oeste de Altagracia, Juan Griego y la faja alrededor de la vegetación muy seca de la península de Macanao y en donde predominan: abrojo Tribulus cistoides, cují yaque Prosopis juliflora, guícher Pithecolobium unguiscati, orégano Lippia alba, tuna Opuntia sp., tamuto Croton sp., tomillo Lippia origanoides, cardón, dividive, guamache y guatacare.
Espinar muy ralo-maleza desértica: abarca áreas de vegetación muy rala que alternan desde el espinar hasta la maleza desértica. Se localiza en el extremo suroeste de la llanura costera desde La Restinga hasta Punta Mosquito; en Manzanillo hasta Puerto Fermín y Pampatar y en la mayor parte de la Península de Macanao.
