Las Dependencias Federales están compuestas por unas 311 islas, cayos e islotes que han sido agrupadas en varios sectores atendiendo a diferentes criterios: su ubicación frente a las entidades federales, su localización geográfica y posición estratégica, las características de las aguas marinas que las bañan, la composición del paisaje y la composición de las comunidades bióticas. Esta clasificación permite agruparlas en tres grupos bien definidos:
Islas oceánicas: Archipiélago de Los Roques, Aves de Barlovento y Sotavento, La Orchila y Aves del Norte. Este grupo se caracteriza por estar relativamente alejado de las costas continentales de las cuales está separado interiormente por grandes profundidades. Se encuentran bajo la influencia de las aguas cálidas, oceánicas de gran transparencia y baja productividad del mar Caribe, lo cual crea condiciones adecuadas para el desarrollo de arrecifes coralinos.
Islas de la plataforma continental: Las Caracas, Las Chimanas, Borracha, Píritu, Caribe, Lobos, el archipiélago de Los Frailes -aunque sus islotes con características más propias por hallarse más próximos a la influencia de aguas oceánicas-, etc. Este conjunto de islas se encuentra situado sobre la plataforma continental nororiental y a muy corta distancia de la costa firme. Están rodeadas de aguas neríticas (depósitos marinos formados por cantos rodados, grava, arena, fango y lodo, que se acumulan en la plataforma continental), de elevada producción primaria, de escasa transparencia, sometidas a la influencia del fenómeno oceanográfico "de surgencia costera" que provoca el ascenso hacia la superficie de aguas profundas, por lo tanto, de temperatura relativamente baja. Este fenómeno es causado por los vientos alisios que soplan del este-noreste y adquieren su máxima intensidad entre los meses de enero y julio.